In LEGO® Ninjago: Shadow of Ronin kruipen spelers in de huid van hun favoriete Ninja krijgers en gebruiken ze nieuwe voertuigen, machines en draken om zich een weg door het Ninjago universum te vechten. Een nieuwe vijand genaamd Ronin maakt zijn intrede in de videogame. Met behulp van het Obsidian Glaive wapen steelt deze vijand de herinneringen van Ninja krijgers. Spelers moeten hun wapens terugvinden om daarmee hun krachten terug te krijgen, voordat Ronin zijn snode plannen kan uitvoeren.